आधुनिक विज्ञान ने माया सभ्यता के पतन की सबसे सटीक वजह ‘जलवायु’ को माना है। मैक्सिको की ‘लेक चिचानकानाब’ (Lake Chichancanab) के तलछट और स्टैलेग्माइट्स के ऑक्सीजन आइसोटोप विश्लेषण से पता चला है कि 800 ईस्वी से 1000 ईस्वी के बीच इस क्षेत्र में लगातार भयंकर सूखे (Mega-droughts) पड़े। वार्षिक वर्षा में 50% से 70% तक की भारी कमी दर्ज की गई। चूंकि माया कृषि पूरी तरह से मानसूनी बारिश और भूमिगत जल (Cenotes) पर निर्भर थी, सूखे ने उनकी खाद्य सुरक्षा को पूरी तरह नष्ट कर दिया।

मायाओं ने अपने ही पतन को आमंत्रित किया। उन्होंने अपने विशाल पिरामिडों और प्लाज़ा को सफेद ‘स्टको’ (Stucco) प्लास्टर से ढकने के लिए चूना पत्थर को जलाया। केवल 1 टन प्लास्टर बनाने के लिए उन्हें 20 टन लकड़ी जलानी पड़ती थी। इसके कारण भयंकर निर्वनीकरण (Deforestation) हुआ। नासा (NASA) के कंप्यूटर सिमुलेशन दर्शाते हैं कि पेड़ों के कटने से ‘अल्बेडो इफेक्ट’ (Albedo effect – सूर्य के प्रकाश का परावर्तन) बढ़ गया, जिससे जमीन का तापमान बढ़ा और स्थानीय स्तर पर बारिश और भी कम हो गई। यह मानव-जनित जलवायु परिवर्तन का पहला बड़ा उदाहरण था।

जब संसाधनों (अनाज और पानी) की कमी होने लगी, तो 2 करोड़ की विशाल आबादी को खिलाना असंभव हो गया। भोजन की कमी ने कुपोषण (Malnutrition) को जन्म दिया (जो प्राचीन कंकालों के अध्ययन से सिद्ध हुआ है)। राजनीतिक अस्थिरता फैल गई और नगर-राज्यों के बीच संसाधनों पर कब्ज़ा करने के लिए भयानक युद्ध शुरू हो गए। जो युद्ध पहले केवल राजाओं को बंदी बनाने के कर्मकांड (Rituals) तक सीमित थे, वे अब अस्तित्व बचाने के खूनी संघर्ष में बदल गए।